Bendungan Manikin Paket 2 mengusung desain teknis yang canggih, menggabungkan metode paralel dalam pengerjaan terowongan dan beton lining untuk tunneling. Dalam proses konstruksinya, bendungan ini juga menerapkan desain spillway yang inovatif. Desain spillway tersebut memungkinkan air mengalir melalui shaft vertikal dan selanjutnya mengalir ke dalam terowongan. Pendekatan desain seperti ini diharapkan dapat meningkatkan efisiensi pengelolaan air dan mengurangi risiko terjadinya kerusakan pada struktur bendungan akibat tekanan air yang berlebih.
Bendungan ini juga dirancang untuk berfungsi ganda, yaitu sebagai sumber air baku untuk irigasi dan sebagai pengendali banjir, dua aspek yang sangat vital di daerah Nusa Tenggara Timur, yang sering mengalami kekeringan dan bencana banjir musiman. Dengan kapasitas suplai air sebesar 700 liter per detik, bendungan ini diharapkan mampu meningkatkan ketahanan pangan lokal dan mendukung pertumbuhan ekonomi melalui sektor pertanian.